В структуру центра входят:
- Фонд поддержки малого предпринимательства Забайкальского края
- Забайкальский микрофинансовый центр
- Гарантийный фонд Забайкальского края
- Забайкальская лизинговая компания
- Центр оказания услуг
- Центр поддержки экспорта
- Центр инноваций и поддержки предпринимательства
- Центр инноваций в социальной сфере
- Региональный центр инжиниринга
- Удалённое рабочее место МСП Банка